Dreamweaver や Illustrator でも同様の現象が起きていたので対処方法を検索。
見つけたのが、Adobe のPhotoshop コミュニティフォーラムの 【 Plum_Magicさんの対処方法 】。（Plum_Magicさんありがとうございます）
【 Plum_Magicさんの環境 】
● Windows 10 64bit （Windows 8.1 64bitから)
● Photoshop CC 2015
対処方法
- まず、Photoshop をアンインストール。
- Windows のスタートメニューから、[ 設定 ] → [ 時刻と言語 ] → [ 地域と言語 ] とすすむ。
- English など適当なものを追加して、規定として設定して、日本語を削除。
- Windows を再起動。
- 3 と同じところで、日本語をインストール。
- 画面右下にタップしてという、言語インストール中のメニューが飛び出してくるので、クリック。すると、さらに細かな言語パックの中身がいじれる。
- YUゴシック以外の、UI 用のフォントのパックが含まれているので、いったん削除して、再度入れなおす。（このあたりはうろ覚え）
- Photoshop をインストール。
※ 7 は、[ オプション機能 ] の [ 日本語補助フォント ] のアンインストールだと認識して試してみた。
参考：[Windows10 基本操作] Adobe フォトショップ( Photoshop )・イラストにてメニューの文字化けを直す方法。
この対処方法で解決した方が多々いたとのことだけど、ダメだった。
元々の OS が Windows 7 であることと、アップグレード時とアップグレード後のアップデート時での現象の発生という違いがあったからなのか、解決できなかった。
それで、再度検索。
そうしたら、同じくAdobe の Photoshop コミュニティフォーラムで 【 レテルノさんのレジストリを変更するという対処方法 】 を発見。（レテルノさんありがとうございます）
レジストリを触るのは、ちょっと怖かったけど、不具合を修正したいので、再度チャレンジ。
レジストリを変更する対処方法
- レジストリエディタを起動。（ファイル名を指定して実行で「 regedit 」と入力しEnter ）
- HKEY_LOCAL_MACHINE \ SOFTWARE \ Microsoft \ Windows NT \ CurrantVersion \ Fontsを開く。
- エントリー内の MS ゴシック＆ MS P ゴシック＆ MS UI Gothic（TrueType）” または ” MS ゴシック＆ MS UI Gothic ＆ MS P ゴシック（ TrueType ）” の
” msgothic_0.ttc ” を ” msgothic.ttc ” に変更するか
” msgothic.ttc ” を ” msgothic_0.ttc ” に変更する（環境によって異なる） - 変更したら Windows を再起動。
- 念のため Windows のフォントフォルダから ” msgothic_0.ttc ” を削除（もしくは他のドライブやフォルダへバックアップする)
※ちなみに僕は、 ” MS ゴシック＆ MS UI Gothic ＆ MS P ゴシック（ TrueType ）” の ” msgothic_0.ttc ” を ” msgothic.ttc ” に変更。
解説では、
「フォントフォルダに『 msgothic.ttc 』と『 msgothic_0.ttc 』が混在していると起こるようです。両ファイルともフォントバージョンは変わりないのですが、タイムスタンプとファイルサイズが異なっています。(前者が2015/10/31、後者が2001/08/27)
古いシステムフォントファイルを参照してしまうが為に新しいシステムフォントファイルが存在していると混在して化けてしまうのではと思います。これはどちらかというとOS側の問題なのかな？と。」
とのこと。
この対処方法で、Photoshop の文字化けは解決。
だけど、Evernote を開いてみたら「 メイリオ 」に設定していた書体が明朝になっていた。
何故 ? と、考えた結果、[ 日本語補助フォント ] をアンインストールしていたことに気付き、再度、[ フォント ] の [ オプション機能の管理 ] を見てみたら、当たり前だけど、さっき削除したので [ 日本語補助フォント ] が無くなっていた。
それで、今度は、[ 日本語 ] の [ オプション ] から [ 日本語補助フォント ] を再インストール。
長かったけど、これで、やっと文字化け問題が解決。
個人的には、レジストリはあまり触りたくないので、Plum_Magic さんの対処方法をまず試して、それでもダメなら、レテルノさんの対処方法で、という順番がよいのではないかと…。
Windows 8.1 あたりから「 游ゴシック 」「 游明朝 」というフォントが標準でインストールされているから使っている方も多いと聞くけど、「 メイリオ 」は、好きなフォントなので元に戻ってよかった。